Създаден през 1974 година от Министерство на транспорта и Министерство на образованието като ведомствен учебен център.
През 1989 година е утвърден, като национален морски учебен център за следдипломна квалификация и обучение на специалисти за водния транспорт.
През 2000 година „БМКЦ“ е регистриран, като самостоятелно търговско дружество, предлагащо качествена подготовка, съгласно националните и международни стандарти за компетентност на морските лица.
От 2008 година „БМКЦ“ е еднолично акционерно Дружество.
Използваните в Центъра съвременни методи за обучение, непрекъснатото обновяване на техническите средства, осъвременяването на учебните програми, привличането на преподаватели с богат практически и теоретичен опит определят високия престиж на БМКЦ сред българските и чуждестранни учебни институции и корабособственици.
„БМКЦ“ ЕООД е одобрен от Изпълнителна Агенция "Морска администрация" за провеждане на всички видове обучения на морски лица, в съответствие с изискванията на Националните стандарти и Конвенция STCW.
Високото ниво на учебния процес се постига с използването на съвременни морски симулатори – „Навигационен мостик“, „Машинно отделение“ и „Товарни операции с течни товари“ на фирма KONGSBERG, като интегрирането им осигурява възможност за обучение за управление на кораб, експлоатиран в симулирана виртуална среда.
Допълнително ефективност на обучението в реалната среда осигуряват специализираните учебни зали и Полигонът за практическа подготовка на морски лица със съвременни бързоходни и спасителни лодки и пожарен полигон, позволяващи провеждане на над 40 вида курсове за подготовка и квалификация на морски лица.
В тясно сътрудничество с корабни компании и техните агенти „БМКЦ“ ЕООД разработва и допълнителни програми за специализирано фирмено обучение.
„БМКЦ“ ЕООД е и одобрен център за провеждане на тестове MARLINS;
Системата за управление на качество в Центъра е освидетелствана от Лойдс Регистър QA за съответствие със стандарта ISO 9001:2015.
Дейността на „БМКЦ“ ЕООД е позната и в Международната морска организация /IMO/ като дейност, непосредствено насочена към следдипломна морска квалификация за специалисти от водния транспорт – моряци и други брегови специалисти, обучавани в съответствие с последните международни изисквания и стандартите за освидетелстване на морските лица, утвърдени с Конвенцията STCW. Разработените учебни програми се базират на моделните курсове на IMO и се съсредоточават върху последните новости в областта на морската теория и практика.
В активите на „БМКЦ“ ЕООД е и учебно-ветроходният кораб "Калиакра”, който се предлага за крайбрежни морски разходки, учебно - производствена практика, различни корпоративни презентации и мероприятия.